Depois de acompanharmos o que acontecera na década de 1980, partiremos para a década de 1990, esta seria uma fase que seria marcada pelo fim do apartheid na África do Sul, e pela transição de alguns países para a democracia.
Em 1990, na Argélia, realizar-se-ia a 17.ª edição do CAN, com o mesmo formato que nos últimos torneios.
Como participantes estariam os campeões, Camarões, os anfitriões, Argélia, a Costa do Marfim, a Nigéria, o Quénia, a Zâmbia que em 1988 não participara por desistência, os regressados, Senegal, que não se tivera qualificado na edição anterior, e o Egipto.
No grupo A, a Argélia terminaria como líder com seis pontos, seguida da Nigéria com quatro, os anfitriões aplicariam uma goleada às Super Eagles por 5-1, venceriam o Egipto por 2-0 e a Costa do Marfim por 3-0, tendo 10 golos marcados e 1 sofrido, o melhor ataque e defesa da prova.
No grupo B, a Zâmbia ficaria em primeiro colocado com cinco pontos, enquanto o Senegal viria logo atrás com quatro pontos.
Nas meias-finais, a Nigéria venceria por 2-0 à Zâmbia, e a Argélia triunfaria por 2-1 sobre os Leões de Teranga.
No jogo de terceiro lugar, a Zâmbia conseguiria bater o Senegal pela margem mínima.
Na final, a Argélia perante o público local não desapontaria e vingar-se-ia do dissabor causado pelos nigerianos em 1980, em Lagos, onde perderam por 0-3, desta vez triunfando por 1-0.
O artilheiro máximo seria o argelino, Djamel Menad com quatro golos anotados, enquanto o jogador do torneio seria o compatriota, a lenda do FC Porto, Rabah Madjer.
A equipa do CAN seria composta por Antar Osmani da Argélia, na baliza, pelos defesas, Arsène Hobou, da Costa do Marfim, Samuel Chomba, da Zâmbia, o repetente, André Kana-Biyik, dos Camarões e o argelino, Ali Benhalima. Os médios seriam três argelinos, Djamel Amani, Tahar Chérif El-Ouaazzani e Rabah Madjer, além do nigeriano, Moses Kpakor, o ataque seria com o artilheiro máximo da prova, o argelino, e repetente, Djamel Menad, que mais tarde chegaria actuar na Primeira Liga Portuguesa ao serviço do Famalicão e d’Os Belenenses, e Webster Chikabala, da Zâmbia.
Virada a página da conquista das Raposas do Deserto, dois anos mais tarde, a principal competição de futebol africano a nível de selecções, mudar-se-ia para o Senegal, seria a 18.ª edição, e o número de participantes aumentaria para 12, com as equipas a terem de ser divididas em quatro grupos de três.
Os participantes seriam a Argélia como campeã, o Senegal, na qualidade de anfitrião, a Costa do Marfim, a Nigéria, o Egipto, os Camarões, a Zâmbia, a selecção de Marrocos, o Quénia, e os regressados, Zaire, Gana, que não participariam da edição passada, a República do Congo, de fora desde 1978, quando ainda tinha o nome de República Popular do Congo.
No grupo A, a Nigéria e o Senegal qualificar-se-iam em primeiro e em segundo, respectivamente.
No grupo B, os Camarões ganhariam a chave e o Zaire passaria em segundo.
No grupo C, a Costa do Marfim e a República do Congo seguiriam em frente, com ambos em primeiro e em segundo como ordenado.
No grupo D, o Gana e a Zâmbia também marcariam presença na ronda seguinte, com os ganeses a ficarem em primeiro e com os zambianos logo atrás.
Nos quartos de final, a Nigéria, o Gana e os Camarões venceriam os embates frente ao Zaire, República do Congo e Senegal.
Enquanto, a Costa do Marfim derrotaria a Zâmbia pela margem mínima após o prolongamento depois de um nulo no tempo regulamentar.
Nas meias-finais, os Blacks Stars triunfariam sobre a Nigéria por 2-1, mas perderiam Abedi Pelé, por acumulação de amarelos, do outro lado, a Costa do Marfim, depois de registar o nulo com os Camarões, sairia por cima nas grandes penalidades por 3-1, com Gouaméné a ser o herói ao defender 4 penáltis, com um deles a ser no tempo regulamentar.
No jogo de terceiro lugar, as Super Eagles garantiriam o posto com uma vitória por 2-1 sobre os Leões Indomáveis.
E na final, os Elefantes fizeram história ao superar o Gana nos penáltis por 11-10, depois da partida ter ficado igualada a 0-0 no tempo regulamentar.
O artilheiro máximo seria o nigeriano, Rashidi Yekini, com quatro golos, e que chegaria a ser muito feliz com as cores do Vitória Futebol Clube, em Setúbal, na época de 93-94, em que faria 21 golos, tornando-se o maior goleador da Primeira Liga Portuguesa naquela época.
O melhor guardião do CAN seria o Alain Gouaméné, da Costa do Marfim.
O prémio de melhor jogador seria atribuído a outro nome que dispensa apresentações e que brilharia ao serviço do Marselha, Abedi Pelé.
Quanto à equipa do CAN, seria composta pelo melhor GR do torneio, Alain Gouaméné, da Costa do Marfim, o compatriota, Basile Aka Koumé na defesa, seguido do egípcio, Hany Ramzy, do repetente, Stephen Keshi, e do Senegalês, Adolphe Mendy. Os médios, Serge-Alain Maguy, da Costa do Marfim, Jean-Claude Pagal, dos Camarões, do Zaire, o repetente, Jacques Kinkomba Kingambo, e o melhor jogador do torneio, Abedi Pelé, do Gana. Os avançados seriam, Rashidi Yakini, e outro nome bem conhecido, Tony Yeboah, que se destacaria no Leeds na Liga Inglesa.
Em 1994, o CAN realizar-se-ia na Tunísia, pela segunda vez desde 1965, esta edição aconteceria um ano depois do acidente aéreo que dizimara a selecção da Zâmbia, como tal, o elenco zambiano teria de ser refeito desde a base até ao topo.
O formato manter-se-ia com 12 equipas, os campeões, Costa do Marfim, os anfitriões, Tunísia, seriam acompanhados pela Zâmbia, pelo Senegal, que substituiria a Argélia, desqualificada, o Zaire, o Gana, o Egipto, a Nigéria, além dos regressados, Mali, de fora desde 1972, Guiné-Conacri, de fora desde 1980, e dos estreantes, Serra Leoa e Gabão.
Na chave A, o Zaire e o Mali qualificar-se-iam em primeiro e em segundo, respectivamente.
Na chave B, o Egipto e Nigéria terminariam com os mesmos pontos, três, mas com uma diferença de um golo favorável aos Faraós, e que lhes valeria a liderança.
Na chave C, a Zâmbia alcançaria a próxima ronda com três pontos, à frente dos campeões, Costa do Marfim, por um ponto.
Na chave D, o Gana asseguraria a primeira posição com quatro pontos, enquanto o Senegal também seguiria em frente com dois pontos.
Nos quartos de final, a Nigéria triunfaria por 2-0 sobre o Zaire, já a Costa do Marfim, voltaria a bater o Gana, dois anos depois, desta vez por 2-1.
E o Mali e a Zâmbia ganhariam pela margem mínima ao Egipto e ao Senegal, respectivamente.
Nas meias-finais, as Super Eagles empatariam a 2-2 com os Elefantes, mas nas grandes penalidades, a Costa do Marfim sairia por cima, por 4-2.
Enquanto, a Zâmbia aplicaria uma goleado por 4-0 ao Mali, carimbando de forma impressionante o passaporte para a final.
No jogo pelo terceiro lugar, os marfinenses levariam a melhor sobre os malianos por 3-1.
E na final, a Nigéria chegaria ao segundo título da história com uma vitória por 2-1 sobre a Zâmbia.
O artilheiro máximo da prova seria, novamente, Rashidi Yekini, ele que já tinha sido eleito em 1992.
A equipa do CAN seria formada com Ahmed Shobair, do Egipto, na baliza, com os defesas da Zâmbia, Harrison Chongo e Elijah Litana, enquanto Frank Amankwah, do Gana, e Benedict Iroha, da Nigéria, seriam os outros.
Os médios desta edição seriam os repetentes, do Gana, Abedi Pelé, e da Costa do Marfim, Serge-Alain Maguy, e ainda o nigeriano, Daniel Amokachi, e o compatriota, que é um nome que também dispensa apresentações, um diabo à solta com o esférico, Jay-Jay Okocha. Os avançados seriam Joel Tiéhi e novamente, Rashidi Yekini, pela segunda edição seguida.
Após a Tunísia, em 1996, teríamos um marco para a história do futebol africano, seria a 20.ª edição do CAN, realizada na África do Sul, no pós-Apartheid.
Nesta competição haveria uma subida de 12 para 16 equipas, seriam quatro grupos divididos por quatro equipas.
Mas a campeã, Nigéria, forçada a desistir em virtude da pressão exercida pelo então ditador, o Chefe de Estado, Sani Abacha, reduziria o número de selecções para 15.
Estariam presentes, os anfitriões, África do Sul, a Zâmbia, o Egipto, o Gana, o Zaire, a Serra Leoa, o Gabão, os estreantes, Angola e Libéria, além dos regressados, Moçambique, de fora desde 1986, o Burkina Faso, de fora desde 1978, quando ainda jogava como Alto Volta e a Argélia, que não participara na edição passada por ter sido desqualificada.
No grupo A, África do Sul garantiria a liderança com os mesmos pontos do que o Egipto, com a diferença de ter tido uma defesa menos batida.
No grupo B, a Zâmbia e Argélia, passariam ambas em primeiro e em segundo respectivamente, com a diferença de golos a ser favorável ao conjunto zambiano.
No grupo C, o Gabão, o Zaire e a Líbia terminariam com os mesmos pontos, mas a diferença de golos ditaria o afastamento da Líbia por ter um golo sofrido a mais do que o Zaire.
No grupo D, o Gana dominaria a chave com nove pontos, enquanto a Tunísia qualificar-se-ia com quatro pontos.
Nos quartos de final, avançariam a África do Sul, que eliminaria a Argélia por 2-1, o Gana que ganharia ao Zaire por 1-0, a Zâmbia que viria a triunfar por 3-1 sobre o Egipto, e a Tunísia, que depois de empatar com o Gabão no tempo regulamentar, a 1-1, levaria a melhor nos penáltis por 4-1.
Nas meias-finais, os anfitriões iriam surpreender o Gana por 3-0, enquanto os zambianos cairiam aos pés dos tunisinos por 2-4.
No jogo de terceiro lugar, a Zâmbia garantiria uma vitória pela margem mínima sobre o Gana.
E na final, perante o público da casa, e o presidente, Nelson Mandela, os Bafana Bafana não desiludiriam ganhando por 2-0, naquela que seria a primeira e única conquista da história para os sul-africanos.
O artilheiro máximo e o melhor jogador da prova seria o sobrevivente que não viajara no avião que tirara a vida à geração mais promissora da Zâmbia, Kalusha Bwalya, e que anotaria cinco golos.
Quanto à equipa do CAN, seria constituída pelo guardião, Chokri El Ouaer, da Tunísia, pelo defesa, repetente, da Zâmbia, Elijah Litana, pelo sul-africano, Mark Fish, pelo gânes, Isaac Asare e pelo egípcio, Yasser Radwan. Os médios seriam, Zoubeir Baya, da Tunísia, o repetente, Abedi Pelé, o sul-africano, Mark Williams e o Hazem Emam, do Egipto. Os avançados seriam o melhor jogador e artilheiro máximo da prova, da Zâmbia, Kalusha Bwalya, e o repetente, do Gana, Tony Yeboah.
A 21.ª edição do CAN, em 1998, ocorreria no Burkina Faso, seria a última da década de 1990, e manteria o modelo do torneio anterior.
Várias equipas que tinham optado por ficar de fora da qualificação para a edição passada seriam impedidas de participar, entre as quais constam os nomes: Gâmbia, Lesoto, Níger, Madagáscar e Guiné-Bissau, enquanto a Nigéria que tinha abdicado de se fazer presente após ter garantido o passaporte para a África do Sul, também seria interdita.
Os anfitriões, Burkina Faso, far-se-iam acompanhar dos campeões, África do Sul, da Tunísia, da Costa do Marfim, da Zâmbia, do Gana, do Egipto, dos Camarões, de Angola, da Argélia, de Moçambique, dos regressados, Guiné-Conacri, de fora desde da última edição, de Marrocos, de fora desde 1992, e da República Democrática do Congo, que jogaria pela primeira vez com esta designação.
Na chave A, os Camarões ficariam em primeiro, seguindo-se os anfitriões, Burkina Faso, logo atrás a um ponto.
Na chave B, a Tunísia e a República Democrática do Congo terminariam ambas com os mesmos pontos, mas a diferença de golos seria favorável às Águias de Cártago.
Na chave C, a Costa do Marfim seria líder com sete pontos, por sua vez, os campeões, África do Sul, passariam com cinco.
Na chave D, Marrocos teria mais um ponto do que o Egipto, sete contra seis, passando ambas, em primeiro e em segundo, respectivamente.
Nos quartos de final, a República Democrática do Congo venceria por 1-0 os Camarões, Marrocos seria eliminado pelos Bafana Bafana por 1-2, o Burkina Faso empataria a 1-1 com a Tunísia no tempo regulamentar, tal como o Egipto com a Costa do Marfim a 0-0, mas seriam os Burkinabés e os Faráos a seguir em frente com 8-7, 5-4, nos penáltis.
Nas meias-finais, a África do Sul triunfaria após prolongamento pela margem mínima sobre os congoleses, enquanto o Egipto ganharia diante do Burkina Faso por 2-0.
No jogo do terceiro lugar, a partida seria electrizante com um empate a 4-4 no tempo regulamentar, com os Leopardos a partir de uma desvantagem de 3-0, mas nos penáltis, a superiorizarem-se por 4-1 sobre o Burkinabés.
Na final pela segunda vez consecutiva, os sul-africanos não lograriam o bicampeonato, caindo perante o Egipto que alcançaria assim o quarto título da história.
Os artilheiros máximos da prova seriam o egípcio, Hossam Hassan, e um velho conhecido do futebol português, o ex-atacante do FC Porto, Benni McCarthy, ambos anotariam 7 golos.
Benni McCarthy, por sua vez, seria eleito o melhor jogador do torneio.
A equipa do CAN seria composta pelo GR, Nader El-Sayed, do Egipto, os defesas, Noureddine Naybet, de Marrocos, o repetente, sul-africano, Mark Fish, o egípcio, Mohamed Emara e o moçambicano, Jojo. Os médios seriam o congolês, Didier Ekanza Simba, o marfinense, Tchiressoua Guel, o tunisino, Hassen Gabsi, e o ganês, Charles Akonnor. Os avançados seriam o melhor jogador do torneio e também artilheiro máximo, Benni McCarthy e o egípcio, Hossam Hassan.